Le super ordinateur "Gaïa" qui gérait les conditions climatiques de la Terre, est devenu incontrôlable. Sa puissance s'est libérée de telle sorte que le chaos s'est vite installé un peu partout dans la planète bleue. De ce fait, toute civilisation a été rayée de la carte, seuls quelques rescapés tentent de survivre en essayant de neutraliser l'ordinateur fou et ses "GM", sortes de parasites qui modifient génétiquement les êtres vivants qu'ils contaminent. Shiori et sa troupe vont connaître de graves pertes dûes à cette épidémie, mais c'est alors que surgit Carol (Chirality Artificial Recombine Of Life), un être humain créé par le gardien suprême, "Maman", lors de la recherche d'un projet top secret. Et visiblement, Shiori serait elle aussi liée à cette affaire...