Lors de la guerre des "sept jours de feu", les civilisations du gigantisme industriel furent détruites et leurs savoirs perdus. La terre était recouverte de substances toxiques et sa surface évolua pour ressembler soit à un désert, soit à une forêt, où tout être vivant y périt rapidement : la Mer de la Décomposition. Mais la vie trouve toujours son chemin et de nouvelles formes de vie apparurent, adaptées à cet environnement ; les anciennes étant forcées de survivre à l'extérieur. Mille ans après cette catastrophe, les anciennes civilisations ont sombré dans l'oubli et alors que l'âge de céramique touche a sa fin, Nausicaä, princesse de la Vallée du Vent, un petit royaume à la population d'à peine cinq cents personnes, protégé tant bien que mal par un vent marin des pollutions de la Mer de la Décomposition, doit partir à la guerre pour l'empire Tolmèque à la place de son père gravement malade. Mais Nausicaä possède le don de comprendre toute créature, ainsi qu'une empathie sans limite pour toute créature vivante, et préférerait continuer ses recherches sur la mer de la décomposition et ses poisons plutôt que de partir sur le champ de bataille, mais elle n'a pas le choix.