Un nouvel élève débarque aujourd'hui à l'académie des ninja, un établissement qui comme son nom l'indique forme les ninja de demain. Il s'agit de Nikumaru Sarutobi, un petit gros qui ne pense qu'à manger et mater sous les jupes des filles. Sous ses airs de guignol, le garçon cache en réalité une maîtrise exceptionnelle du ninjutsu. Grâce à ses techniques secrètes, il est capable de remporter n'importe quel défi, et c'est d'autant plus vrai lorsqu'il le fait pour protéger la belle Mako Kiriga, son amie d'enfance et accessoirement sa petite amie plus ou moins officielle. Ses dons exceptionnels lui viennent probablement de Happôsai Sarutobi, celui qui est considéré comme le plus grand ninja que le siècle ait connu !