Après la Troisième Guerre Mondiale, le monde entame un nouvelle renaissance. Le Japon, ayant reçu de plein fouet une bombe atomique d'un genre nouveau, a été en grande partie décimé. Nous sommes en 2019, à Neo-Tokyo, 38 ans après cette tragédie. Kaneda et sa bande de motards font comme à leur habitude une descente. Ils se dirigent vers le fameux point d'impact de la bombe pour "zoner". Lors de leur balade, ils font la rencontre d'un étrange gamin aux traits d'une vieille personne qui apparemment est recherché par les forces militaires japonaises. À partir de là tout bascule, Tetsuo, le meilleur ami d'enfance de Kaneda, se crashe violemment sur le bitume et est emmené d'urgence par les soins de l'armée. Par la suite, il sera drogué à des fins expérimentales, ce qui aura pour conséquence de le doter de pouvoirs paranormaux. Avec ce nouveau "corps", il défiera le monde entier en saccageant tout ce qu'il rencontre. Plus tard, il apprend qu'il existe d'autres enfants comme lui, notamment un certain Akira, celui qui aurait été responsable de la destruction du pays. Il décide donc de partir à sa rencontre en allant dans la prison cryogénique où il est enfermé jusqu'à maintenant...