L'impétueux Yoshimori et la réfléchie Tokine sont depuis leur plus jeune âge ce qu'on appelle des kekkaishi, autrement dit des experts capables de créer des champs de force. Ils sont tous deux issus d'une lignée ancestrale dont la mission est de lutter contre des entités surnaturelles attirées par le domaine des Karasumori, aujourd'hui remplacé par un établissement scolaire que les deux jeunes amis fréquentent par ailleurs, et dont on dit que les membres de la famille avaient une énorme force spirituelle. Une fois entrées dans cette zone, les créatures fantastiques voient leurs capacités augmenter prodigieusement, ce qui ne facilite bien évidemment pas leur éradication. Le secret des Karasumori semble de plus en plus intriguer Yoshimori, qui va tout faire pour protéger celle qu'il aime et lui éviter de revivre la souffrance qu'elle a autrefois connue par sa faute...